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Hi-Cサービス

End-to-endの核内ゲノムの3次元空間内の立体構造解析

 

Hi-Cの概要

Hi-C Service
 

核内のDNAは、クロマチン複合体として効率よく折りたたまれた構造をしています。この高度に制御された構造により、数千kb離れた距離の遺伝子領域が、共同して遺伝子発現を制御することが知られています。

アクティブ・モティフの提供するHi-C受託解析は、ゲノム内の離れた遺伝子座間のすべての相互作用をマッピングし、ゲノム構造の３D構造解析データを提供します。

Hi-Cについて、より詳しく知りたい方は

Hi-Cで解析する利点

Hi-Cは、クロマチンの立体的な構造、いわゆる遠位の染色体領域の相互作用をマッピングするのに使われます。この解析により、研究者の系において新しい遺伝子発現制御機構を解明する手助けとなるかもしれません。

例えば、Hi-Cは、次のような解析に利用されています。

  • 薬剤処理や刺激によるクロマチン構造変化​
  • 発生段階や病態の進行におけるクロマチン構造変化

アクティブ・モティフのHi-C受託解析の内容

  1. 細胞、または組織の受領
  2. クロマチンのクロスリンク
  3. 制限酵素による断片化
  4. 断片化DNAの末端修復とビオチン化
  5. ビオチン化された末端のライゲーション
  6. DNAのせん断とビオチンによるプルダウン​
  7. ライブラリー作成と、シーケンシング
  8. バイオインフォマティクス解析
Schematic of the Hi-C Workflow

Hi-C解析のワークフロー
（クリックして拡大）

 

Hi-Cのデータ

Observe high level chromosome interactions by using Hi-C.
クリックして拡大）

Figure 1: Hi-Cによる高度クロモソーム相互作用解析

Hi-Cコンタクトマップによる、マウス子宮組織の第一染色体の相互作用解析の例。斜めにプロットされた濃い赤いボックスは、相互作用の強さを示す。対角線上の点は、領域がそれ自体にどれだけ近接しているかのスコアを示す。

Hi-C enables identification of complex chromatin interactions like chromatin looping and Topological Associating Domains (TADs).（クリックして拡大）

Figure 2: Hi-Cによる、クロマチンループやTopologically Associating Domains (TADs)の同定

マウス子宮組織でのHi-C実施例。WashU Epigenome Browserを使用して、第6染色体の6.8 Mbを表示している。Topologically Associating Domains (TADs)は、紫のバーで、クロマチンループは茶色の弧で示されている。

ChIP-Seq analysis of CTCF confirms association of CTCF at boundaries between chromosomal topological associating domains (TADs) identified by Hi-C.（クリックして拡大）

Figure 3: CTCFのChIP-Seq解析により、CTCFがTopologically Associating Domains (TADs)の境界領域に集積していることが確認できる。​

マウス子宮組織のHi-C解析により、Wnt7aを含むTAD（紫色のバー）が同定された。クロマチンループは、茶色の弧で表示されている。CTCFは、長距離クロマチンループの既知のメディエーターであり、TAD境界に存在することが知られている。 下図のChIP-Seqの解析により、識別されたTADの境界（紫色のバーの両端）でCTCF結合が濃縮されている（青いピーク）ことが確認できる。


エピジェネティクス研究のエキスパートに依頼してみませんか？

研究者にとって難しい実験をエピジェネティクスのエキスパートに依頼して、新しい発見をしてみませんか？アクティブ・モティフは、10年以上のエピジェネティクス解析の実績を持ち、数百の研究者からサンプル解析の依頼を受けています。

Hi-CとChIP-Seqの解析を同じサンプルから行うことで、新規の転写因子やヒストン修飾の変化が、クロマチン構造に与える影響を評価することも可能です。

また、ATAC-SeqとRNA-Seqを組み合わせた解析を行い、それぞれの結果の理解を深めることをバイオインフォマティクス解析によってサポートしています。​

アクティブ・モティフの受託解析サービスは、高いインパクトファクターの雑誌に迅速に結果を出すお手伝いをします。

さらに詳しく受託解析のことを知りたい方は、テクニカルサポート（[email protected])にご連絡ください。受託解析の資料もご用意しています。
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Hi-C FAQs

Hi-Cとは何ですか？

Hi-Cは、架橋したDNAの制限酵素による消化と、それに続くDNAの近位ライゲーションおよび配列決定により、ゲノムスケールでクロマチン相互作用を検出する方法です。 詳細については、ガイド: Hi-Cの理解と使用法をお読みください。

どのようなサンプルが解析可能ですか？

アクティブ・モティフのHi-C受託解析では、現在、ヒト、マウスのサンプルが対応可能です。その他の生物種の場合には、お問い合わせください。

どれくらいの細胞数が必要です？

5,000,000 - 10,000,000 細胞からスタートすることを推奨しています。

どれくらいの組織量が必要です？

組織にもよりますが、50-100 mgが必要です。
 

Hi-C受託解析サービスの関連資料

 

 

 

Hi-C Service Sample Submissionポータル

オンラインSample Submissionポータルは、解析したいサンプルの情報をアクティブ・モティフの担当者と共有し、依頼者には解析の進捗をご覧いただけるサイトです。 解析を依頼するために必要な連絡先、サンプルの情報、また解析の内容を記載していただきます。記載の方法や、サンプル提出方法について、ご不明な点がありましたら「[email protected]」までご連絡ください。


こちらもご参照ください：

 

Active Motif’s Hi-C service is offered in partnership with Arima Genomics.

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