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scRNA-Seq/snRNA-Seqの概要
Single-Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) ) は、シングルセルレベルでの遺伝子発現解析を可能にします。 シングルセルの解像度で遺伝子発現プロファイルを理解することは、ヘテロな集団における遺伝子発現の多様性とその機能の解析に役立ちます。
細胞内のメッセンジャーRNAの大部分は、通常細胞質に存在しますが、発現したばかりの転写産物は核にも存在しています。生きている無傷の細胞を出発材料とする場合、各細胞の全mRNAの調製は比較的容易ですが、凍結組織からの調製は困難を伴います。しかし、無傷の核を単離することは可能なため、Single-Nucleus RNA-Seq (snRNA-Seq) の解析が適用できます。
Single-Nucleus RNA-Seqの結果は、Single-Cell RNA-Seqの結果とは異なることがわかっていますが、両方法間で検出されたグローバルな遺伝子発現は、ほぼ完全に重複していることが複数の論文で示されています。現在、snRNA-seqは、転写物の違いに基づいてヘテロな集団内の細胞タイプを十分に識別できるとされています。
Single-Cell RNA-Seqから得られるデータとSingle-Nucleus RNA-Seqを比較した論文例：
scRNA-Seq/snRNA-Seqの利点
scRNA-SeqやsnRNA-Seq解析を利用すれば、遺伝子発現パターンが異なる細胞亜集団を特定できます。そのため、 FACSや磁気ソーティングにより単一の細胞集団を分離しなくても、薬剤処理や分化などによって遺伝子発現パターンが変化する細胞群を同定することが可能です。
例えば：
- 薬物治療への反応に関与する新規細胞亜集団の同定（レスポンダー vs 耐性細胞）
- 発生ステージにおける遺伝子発現変化（例えば、脳の発達、Tヘルパー細胞の発達、B細胞の分化に伴う細胞亜集団の同定）
アクティブ・モティフの”end-to-end” scRNA/snRNA-Seq受託サービスの内容
- 細胞や核の調製
- 10X Genomics Chromiumを使ったサンプル処理
- ライブラリー作成
- 次世代シーケンス
- バイオインフォマティクス解析
scRNA-SeqおよびsnRNA-Seqのデータ
(Click image to enlarge)図1: 単一サンプルにおける固有の細胞亜集団の特定
ヒトPBMCから生成されたシングルセルRNA-Seqデータ。 UMAPプロット上の色分けされた各クラスターは、同じ遺伝子発現プロファイルを持つ細胞の集団を表している。 20のクラスターが特定された。
(Click image to enlarge)図2: クラスター毎に異なる遺伝子発現ヒートマップ
クラスター間で発現が異なる遺伝子をヒートマップで表示した例。
scRNA-SeqおよびsnRNA-Seq受託サービスFAQ
Single-cell RNA-Seq とは？
scRNA-Seq と、一般的なRNA-seqとの違いは？
受託サービスは、ヒトのサンプル以外も可能ですか？
受託サービスは、組織サンプルも可能ですか？
scRNA-Seqは、FFPEサンプルも可能ですか？
scRNA-Seqは、どのくらいの細胞数が必要ですか？
scRNA-Seqでは、どのくらいのリードで解析しますか？
scRNA-SeqおよびsnRNA-Seq受託サービスの関連資料
Single-Cell and Single-Nucleus RNA-Seq Sample Submissionポータル
オンラインSample Submissionポータルは、解析したいサンプルの情報をアクティブ・モティフの担当者と共有し、依頼者には解析の進捗をご覧いただけるサイトです。 解析を依頼するために必要な連絡先、サンプルの情報、また解析の内容を記載していただきます。記載の方法や、サンプル提出方法について、ご不明な点がありましたら「[email protected]」までご連絡ください。
