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CUT&Tag-IT® Express Assay Kitの概要
| Name | Format | Cat No. | 価格 (税抜) | |
|---|---|---|---|---|
| CUT&Tag-IT® Express Assay Kit | 16 rxns | 53175 | ¥228,000 | Buy |
| 48 rxns | 53177 | ¥530,000 | Buy |
関連製品：
- CUT&Tag-IT R-loop Assay Kit: DNA-RNAハイブリッドR-loopのゲノムワイドプロファイリング
- Tissue Prep for NGS Assays: CUT&RUN、CUT&Tag、またはCUT&Tag R-loop Assay用の組織サンプル前処理試薬
- CUT&Tag Spike-In Control: データセット間における比較解析の信頼性を高める標準化試薬
- Magnetic Separation Rack (12 x 0.2 mL): 0.2 mLチューブ専用の磁気ビーズ分離用ラック (8連, 12連ストリップチューブなどにも対応)
- CUT&Tag受託解析サービス: pA-Tn5を用いたCUT&Tag Assayの受託解析サービス
高い感度と再現性を実現するために従来のキットを改善したCUT&Tag-IT Express Assay Kitは、 Tn5 Transposomesによるタグメンテーション反応とNGSアダプター導入を0.2 mLスケールの微小反応系に最適化しています。また、DNA精製工程ではシリカビーズを採用し、カラムによる煩雑な精製操作を排除したシンプルなプロトコルを実現し、ハイスループットにも対応することが可能です。
さらに、本キットはバックグラウンドノイズを最小限に抑えるように最適化されており、少ない細胞数でも安定した結果が得られます。希少な細胞集団や複雑な組織サンプルの解析に特に適しており、高品質なDNAライブラリを作製することが可能です。
CUT&Tag-IT Express Assay Kitの特長
- より安定したCUT&Tag解析結果の取得
- シンプルなワークフロー
- ハイスループットな実験設計が可能
- マウスとウサギに対する二次抗体を同梱
従来のCUT&Tag法に比べて、CUT&Tag-IT Assay Kitシリーズは、プロセスを簡素化するだけでなく、優れた正確性を提供し、限られた組織量、少ない細胞数でも効率よく遺伝子制御とクロマチン構造を解析できるよう改良してきました。CUT&Tag-IT Express Assay Kitでは、さらに、より簡単で、より安定した結果を得られるハイスループットなサンプル処理にも対応するように設計されています。
また、CUT&Tag-IT Express Assay Kitは、新鮮細胞または凍結細胞サンプルに使用できるように設計されており、Tissue Prep for NGS Assaysで処理した組織サンプルにも対応しています。
CUT&Tag-IT® Express Assay KitとCUT&Tag-IT® Assay Kitの違い
| Kit | Assay Format | DNA Purification Method | Tn5 Release |
|---|---|---|---|
| Original CUT&Tag-IT Assay Kit (53160, 53165) | 1.5 mL tubes | カラム精製 | 多段階工程 |
| CUT&Tag-IT Express Assay Kit | 0.2 mL tubes | シリカビーズ精製 | ワンステップ |
CUT&Tag-IT® Express Assay Kitの構成品について
CUT&Tag-IT Express Assay Kitには16反応と48反応があります。16反応キットには、4種のi7 Indexed Primer (1-4)と4種のi5 Indexed Primer (1-4)が含まれ、16サンプルのマルチプレックスに対応しており、48反応キットでは、4種のi7 Indexed Primer (5-8)と12種のi5 Indexed Primer (1-8, 10, 11, 13, 15)が含まれているため、48サンプルのマルチプレックス反応に対応しています。
キットの構成品詳細
| Component | 16 rxns (Cat No. 53175) | 48 rxns (Cat No. 53177) | Storage temp |
|---|---|---|---|
| 5% Digitonin | ✓ | ✓ | -20°C |
| Concanavalin A Beads | ✓ | ✓ | 4°C |
| CUT&Tag-IT™ Assembled pA-Tn5 Transposomes | ✓ | ✓ | -20°C |
| Tagmentation Buffer | ✓ | ✓ | 4°C or -20°C |
| 1X Binding Buffer | ✓ | ✓ | 4°C |
| Dig-Wash Buffer | ✓ | ✓ | 4°C |
| Antibody Buffer | ✓ | ✓ | 4°C |
| Dig-300 Buffer | ✓ | ✓ | 4°C |
| Alpaca Anti-Rabbit IgG (H+L) | ✓ | ✓ | -20°C |
| Rabbit Anti-Mouse Antibody | ✓ | ✓ | -20°C |
| Protease Inhibitor Cocktail | ✓ | ✓ | -20°C |
| Glycogen | ✓ | ✓ | -20°C |
| 10 µg/µL Proteinase K | ✓ | ✓ | -20°C |
| Silica Beads | ✓ | ✓ | 4°C |
| DNA Purification Binding Buffer | ✓ | ✓ | RT |
| DNA Purification Wash Buffer | ✓ | ✓ | RT |
| DNA Purification Elution Buffer | ✓ | ✓ | RT |
| Q5 DNA Polymerase Master Mix (2U/µL) | ✓ | ✓ | -20°C |
| Tn5 Release Solution | ✓ | ✓ | RT |
| i5 Indexed Primer 1 | ✓ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 2 | ✓ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 3 | ✓ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 4 | ✓ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 5 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 6 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 7 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 8 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 10 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 11 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 13 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i5 Indexed Primer 15 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 1 | ✓ | ✗ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 2 | ✓ | ✗ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 3 | ✓ | ✗ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 4 | ✓ | ✗ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 5 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 6 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 7 | ✗ | ✓ | -20°C |
| i7 Indexed Primer 8 | ✗ | ✓ | -20°C |
| SPRI Beads | ✓ | ✓ | 4°C |
CUT&Tag-IT® Express Assay Kit Data
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図1. CUT&Tag-IT Express Assay KitとCUT&Tag-IT Assay Kitの比較
250,000個のK562細胞を準備し、H3K4me3、H3K27me3、H3K27Acを対象としてCUT&Tag-IT Express Assay KitおよびCUT&Tag-IT Assay KitによるCUT&Tag解析を実施した。CUT&Tag-IT Express Assay Kitは、CUT&Tag-IT Assay Kitよりも多くのピーク数、高いFRiPスコア、低い重複率を示した。
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図２. Direct PCR法との比較
250,000個のK562細胞を準備して、H3K27me3を対象としたCUT&Tag-IT Express Assay KitによるCUT&Tag解析を実施した。キットに含まれるシリカビーズでDNA精製したのちにDNAライブラリを調製するか、またはDNA精製せずに直接PCR (Direct PCR) を行いDNAライブラリを調製したサンプルについて、NGS解析を行い比較した。FRiPスコアは茶色(左軸)で示し、ピーク数は紫色(右軸)で示している。結果として、CUT&Tag-IT Express Assay Kitのシリカビーズで精製した方が、精製せずに直接PCRを行うDirect PCR法よりも、ピーク数が多く、FRiPスコアも高い結果であった。
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図３. CUT&Tag-IT Express Assay KitとCUT&Tag-IT Assay KitのDNAライブラリ収量比較
250,000個のK562細胞を準備し、H3K27me3を対象としてCUT&Tag-IT Express Assay KitおよびCUT&Tag-IT Assay KitによるCUT&Tag解析を実施した (N=2) 。それぞれのサンプルレーンについて、精製されたライブラリの収量をプロットしたTapeStationの結果を示す。CUT&Tag-IT Assay Kitのカラム精製法では5,280 pmol/Lと4,120 pmol/LのDNAライブラリが得られ、CUT&Tag-IT Express Assay Kitのシリカビーズ精製法では13,300 pmol/Lと16,400 pmol/LのDNAライブラリが得られた。つまり、CUT&Tag-IT Express Assay Kitは、CUT&Tag-IT Assay Kitよりも多くのDNAライブラリが回収できることを確認した。
CUT&Tag-IT® Express Assay Kit Kitの資料
CUT&Tag-IT Express Assay Kit Manual [Japanese]
CUT&Tag-IT Express Assay Kit Manual [English]
こちらもご参照ください：
US Pat. No. 10,689,643, EP Pat. No. 2999784 and related patents and applications
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