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ChIC/CUT&RUN Serviceの概要
CUT&RUN（Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease）は、様々なクロマチン関連タンパク質とその修飾のゲノムワイドな分布を調べるために用いられるエピジェネティックな解析法であり、クロマチン免疫切断 (ChIC: Chromatin Immunocleavage) を改良した手法です1-3。CUT&RUNは、抗体を利用してクロマチン関連マークおよびタンパク質をターゲットにするという点でクロマチン免疫沈降 (ChIP) に似ていますが、ChIPよりも必要なサンプル量とシーケンス深度が少なくなっています。
CUT&RUNでは、無傷な細胞を用いて、クロマチンと結合している標的タンパク質を特異的な抗体によりタグ付けします。次に、ミクロコッカスヌクレアーゼ (MNase) を用いて標的タンパク質の結合部位近傍にあるDNAを切断します。細胞からリリースされた断片を回収して精製し、シーケンスを行ったのち、参照ゲノム配列にマッピングして標的タンパク質の結合部位を同定します。ChIPとは異なり、CUT&RUNではアーティファクトの原因になり得るタンパク質とDNAの架橋が必要ありません。
CUT&RUNは必要な細胞数がChIPよりも少なく、かつ高感度で特異的であるため、クロマチン関連タンパク質を研究するための有用な方法とされています。そのため、転写因子やヒストン修飾などのクロマチン関連タンパク質の結合パターンをゲノムワイドに同定するのに理想的です。クロマチン関連タンパク質は、遺伝子発現、DNA複製、DNA修復、細胞分化など、さまざまな細胞内プロセスの制御に重要な役割を果たします。これらのタンパク質の結合パターンを理解することで、細胞プロセスがどのように制御されているかについての知見を得ることができます。
References:
1. Schmid, M. et al. Mol Cell, 16(1): 147-157 (2004)
2. Skene, P.J. et al. (2017) Elife 6, e21856
3. Skene, P.J. et al. (2018) Nat. Protoc., 13, 1006-1019
CUT&RUNのエキスパートにおまかせ
経験豊富なスタッフが、研究者の労力と時間を使わずに、貴重な試料から高品質なCUT&RUN解析結果をご提供いたします。そのため、ご自身の研究プランを描くことに専念することができます。
CUT&RUN受託解析サービスの利用はとても簡単です。サンプルをアクティグ・モティフに送るだけで、論文でも使えるようなデータや図を数週間でご提供します。
さらに詳しい内容が必要な方は、テクニカルサポート([email protected])にご連絡ください。
How the ChIC/CUT&RUN Assay Works
アクティブ・モティフ社のChIC/CUT&RUN受託解析サービスを利用するメリットはなんでしょうか？
CUT&RUNは、転写因子、エピジェネティックなリーダーやライター、RNAポリメラーゼII、またはヒストン修飾を含むDNA結合タンパク質を、ChIP-Seqに推奨される試料より少ない細胞数でゲノムワイドにマッピングすることができます。そのため、これまでサンプル量の関係でChIP-Seqが困難であったサンプルでも、ヒストン修飾のプロファイリングや転写因子の結合に関する研究が可能になりました。
また、CUT&RUNは、バックグラウンドシグナルが低いという利点を持っているため、より低いシーケンス深度で解析することが可能となり、ChIP-Seqの数分の一のシーケンスコストで高品質のデータを得ることができます。類似の方法であるCUT&Tagと比較すると、CUT&RUNはCUT&TagよりもDNA結合タンパク質のマッピングに成功しています。そのため、弊社のChIC/CUT&RUN受託解析は、ChIPと比較して少ない細胞数でゲノム全体の転写因子の結合を測定するためのニーズを満たすものと考えています。
当社のend-to-endのChIC/CUT&RUNサービスでは、プロトコルの最適化や、複数の抗体をテストして有効な抗体を探す必要はありません。また、次世代シーケンスデータの解析と結果の説明が含まれているので、特別なバイオインフォマティクスな解析方法を学ぶ必要もありません。
アクティブ・モティフのChIC/CUT&RUN受託解析サービス内容：
- 細胞の調製
- Concanavalin-Aによる補足や抗体反応
- pAG-MNaseを用いたクロマチン切断
- NGSライブラリ調製とシーケンス
- 包括的なバイオインフォマティクスとデータ解析
- 論文へそのまま投稿できる図表を納品
CUT&RUN受託解析サービスのデータ
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Fig. 1 ETS1をターゲットとしたCUT&RUNとChIP-Seqプロファイルの類似性
ETS1抗体 (Cat. No. 39580) を用いたDIPTG細胞に対するChIP-Seqアッセイ (上の2トラック) とK562細胞に対するCUT&RUNアッセイ (下の2トラック) のIGBブラウザーのピークトラック。Homer解析により得られたモチーフ (トラック右側) は、両方のアッセイ群においてETS1モチーフが濃縮されていることを示している。
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Fig. 2 ChIC/CUT&RUN Assay kitによる転写因子をターゲットとした解析と他社製品との比較
アクティブ・モティフ社のYY1抗体 (Cat. No. 61980)を用い、 25,000個のK562細胞の核を対象として、各社Assay KitによるCUT&RUNを実施した。 その結果、アクティブ・モティフ社のChIC/CUT&RUN Assay Kitは、他社と比較して良好な結果が得られた。
ChIC/CUT&RUN Service受託解析サービスの資料
ChIC/CUT&RUN Service Sample Submissionポータル
オンラインSample Submissionポータルは、解析したいサンプルの情報をアクティブ・モティフの担当者と共有し、依頼者には解析の進捗をご覧いただけるサイトです。 解析を依頼するために必要な連絡先、サンプルの情報、また解析の内容を記載していただきます。 記載の方法や、サンプル提出方法について、ご不明な点がありましたら「[email protected]」までご連絡ください。
こちらもご参照ください：
- Spike-in Control Nuclei Services
- View Epigenetic Services
- ChIC/CUT&RUN Assay Kit
- CUT&RUN-Validated Antibodies
- ChIP-Seq Services
- CUT&RUN Complete Guide
ChIC/CUT&RUN provided under license from EpiCypher, under US Patent No. 7790379, 11885814 and related patents and pending applications.
